Het orgel staat op de galerij aan de westzijde van het schip. Het werd in 1903 geplaatst als gebruikt orgel en is gebouwd door de Groninger orgelbouwer Petrus van Oeckelen en Zonen. Het orgel verving het zogenaamde 'Rococo-orgeltje' dat sinds de aanschaf in 1893 op het tot 'klunderzolder' ingerichte doxaal stond dat door een schotwerk was afgescheiden van het schip.

Vanaf 1641 tot na de restauratie in 1933 kerkte de hervormde gemeente van Ter Apel namelijk in het koor. Na de restauratie ging het schip weer als preekkerk dienen en kreeg het orgel haar huidige plek op een tribune tegen de westmuur. Met de restauratie in de jaren dertig van het klooster werd ook het orgel gerestaureerd. Dit gebeurde door de firma Valkx en Van Couteren en Co die daarbij de orgelkas aanpaste aan het nieuw gebouwde balkon en de bijbehorende onderbouw. In 1995 vond opnieuw een restauratie van het orgel plaats door de firma Mense Ruiter. Het orgel kreeg toen zijn oorspronkelijke kleuren terug: de orgelkas imitatie-palisander; het snijwerk in donkergroen, opgehoogd met bladgoud.

Het orgel wordt gesteund door voluutconsoles en een hoge basis. Front met drie pijptorens, de buitenste twee driehoekig, het middelste rond en hoger van formaat. De torens worden gescheiden door gedeelde pijpvelden. Onder de middentoren een halve bladconsole met knop, onder de zijtorens geprofileerde consoles. Langs de randen van de pijpvelden bladwerk. Vleugelstukken in de vorm van ajour voluterend bladwerk met bloemen. Tegen de middentoren opklim­mend krullend bladwerk. In top van de middentoren een lier, op de zijtorens ornamenten, vergelijkbaar met dat van de vleugelstukken.