Als in alle vroegte, bij zonsopgang, de kruisheren van Ter Apel de kerk wilden betreden voor gebed, stapten zij uit hun bed en gingen op weg. Zij verlieten hun slaapcel en kwamen via een trap in het doksaal -waarmee koor en schip worden gescheiden- in het koorgedeelte van de kloosterkerk. Daar verrichten zij hun religieuze handelingen.

Het laatgotisch houten doksaal werd vermoedelijk tegelijk met de kerk opgeleverd in 1501. Het bestaat uit twee muren, twee doorgangen en een trap die naar een tribune leidt. Het doksaal is zeer rijk versierd. Met name aan koorzijde is de versiering vrij goed bewaard gebleven.

Aan koorzijde stonden ooit verschillende beelden, die alle verloren gingen. Op basis van een reconstructie waren Maria in het midden, de twaalf apostelen en nog enkelen afgebeeld. Als dat het geval was, is dit opmerkelijk te noemen. Doorgaans staan de apostelen richting de schipzijde van de kerk.