De tuin van Klooster Ter Apel werd in 1465 gesticht. Het oudste deel van het complex was de kerk, in de zestiende eeuw werden de drie vleugels gebouwd die met de kerk een kloosterhof omsloten. Het klooster kwam in 1619 in handen van de stad Groningen.

Kerk en kloostergebouw werden in de jaren dertig van de twintigste eeuw gerestaureerd onder leiding van de stadsingenieur C.L. de Vos tot Nederveen Cappel, die ook een kleine geschiedenis en beschrijving van het voormalig klooster Ter Apel publiceerde. Daarin duidde hij de kloosterhof als ‘binnentuin’ en ‘kruidhof’ aan.
 
De Stad-Groninger tuinarchitect J.W. Verdenius maakte in 1932 het ontwerp voor de beplanting van de kloosterhof. Deze had na de Reformatie als begraafplaats gediend en is waarschijnlijk tot de invoering van de begrafeniswet van 1869 in gebruik gebleven. Over de oorspronkelijke situatie was niets bekend. Verdenius verzon daarom een ‘historische kruidentuin’ waarin ook plaats was voor een aantal van de aanwezige grafzerken. Na de Tweede Wereldoorlog raakte de tuin in verval. Wel werd ze ter gelegenheid van het vijfhonderdjarig bestaan van het klooster in 1964 opgeknapt, maar daarna viel ze opnieuw aan verwaarlozing ten prooi.

Met de komst in 1973 van een nieuwe beheerder, Allie Eenjes, kwam hieraan een eind. Hij pakte de tuin voortvarend aan samen met Gerda Vuurboom. Wat de keuze van de gewassen betreft, liet hij zich adviseren door de staf van de Groninger Hortus. Het resultaat was ‘een uitgekiende verzameling van medicinale kruiden, verfplanten en keukenkruiden’ in met buxus omzoomde perken. Die laatste zijn, waarschijnlijk om zuiver esthetische redenen naar barok-motief aangelegd. De kruidentuin in de Kloosterhof telt momenteel ruim tweehonderd soorten geneeskrachtige kruiden, verfplanten en keukenkruiden.

In 2000 kreeg de aan één kant open hof zijn vroegere beslotenheid terug door de bouw van een nieuwe vleugel, ontworpen door de Deense architect Johannes Exner.