Bij een bodemonderzoek in 1948 werd vastgesteld dat de kerk van Fransum geen voorgangers heeft gehad. Het kerkgebouw bestaat uit een zaalkerk met een schip van twee traveeën en een driezijdig gesloten koor. De kerk werd opgetrokken in het begin van de dertiende eeuw. Het schip is het oudste deel van de kerk; het koor en de westgevel zijn de jongste delen.

Rond het jaar 1500 kreeg deze kleine kerk een nieuw laatgotisch koor. Tegelijk werd tegen de zuidwand een preekstoel aangebracht, die toegankelijk is via een stenen trapje langs de muur. Opmerkelijk is vooral dat de preekstoel in baksteen is opgemetseld. Voor zover bekend is het de enige bewaard gebleven middeleeuwse preekstoel van baksteen in heel Europa. Er zijn er in Groningen meer geweest: tot in 1786 in Zuurdijk en tot 1839 in Grootegast.

Het meubilair van de kerk bestaat hoofdzakelijk uit knopstoelen met biezen zittingen, die waarschijnlijk stammen uit de tijd dat in het gebouw een hervormd bezinningscentrum was ondergebracht (jaren vijftig vorige eeuw), die na het vertrek naar Aduard meeverhuisden naar de kerk aldaar. De vroedschap haalde in de jaren 1970 in eerste instantie stoelen uit de bovenzaal van De Harmonie in Groningen, maar verkreeg vervolgens de knopstoelen uit de kerk van Aduard. Aan het plafond hangen 19e-eeuwse petroleumlampen, die in de jaren vijftig geschonken zijn door de doopsgezinde gemeente van Noordhorn.